地球が大ピンチ！
残された最後のプリキュア！！ ちきゅうがだいピンチ！のこされたさいごのプリキュア！！

世界一の高さのタワー・東京クローバータワーにやってきたのは
大貝第一中学校（おおがいだいいちちゅうがっこう）のせいとたち。
そのなかで、だれよりもいそがしそうにしている女の子が…
そのこのなまえは、相田（あいだ）マナ。
とってもたよりになるせいとかいちょうさんなんだ！

ケンカしている男子せいとをなかなおりさせたり、
まいごになった女の子をたすけてあげたり…
こまっている人をみたらほうっておけないタイプだから、
マナはずっとおおいそがし！

そんななか、とつぜん、巨大なカニのかいぶつがあらわれた！！
まわりのひとたちは、ビックリして大あわて！
そのときマナは、小さな女の子がにげおくれていることに気づくの。
このままじゃあぶない！
とっさにマナは、カニのかいぶつから、 女の子をたすけだしたんだけど、
今度はマナをカニかいぶつがニラみつけている！
どうしよう…。

そんなマナのまえに、こんどはふしぎな妖精があらわれて…。