三門の楼上には宝冠釈迦如来像をはじめ十六羅漢像が並んでいる。天井には兆殿司、寒殿司の筆によると伝えれる飛竜や極楽に住み人面鳥身で美声の持ち主と言われる迦陵頻伽（かりょうびんが）の極彩色の絵が描かれており、カラフルな空間を形作っている。楼上の「妙雲閣」の扁額は室町幕府四代将軍・足利義持の筆によるもの。
昭和４４年（１９６９）から８年９ヶ月の歳月と５億円の費用をかけ、再建以来、６００年ぶりに全面解体修理が行われ、昭和５３年（１９７８）に完成、その荘厳な姿がよみがえった。
(写真は　迦陵頻伽（かりょうびんが））

　本堂の再建には明治４１年（１９０８）から再建のための募金が始められ、多くの浄財が集まった。建築用材は台湾ヒノキを使っており、この巨材を台湾から大阪まで運ぶのに船会社が６万５０００円の費用がかかると見積もった。寺ではそのような巨額な運賃は支払えないので困り果てていたところ、海軍が軍艦で無料で運んでくれ、大阪から京都までは信者が運んだと伝えられている。
　本堂の柱の一部には、日蓮宗信者の寄進によるものがある。日蓮上人が他宗の迫害を受けた時、東福寺の開山僧・聖一国師の庇護を受けたことがあり、その恩に報いるため、日蓮上人が東福寺に寄進したことがあると言う｡この前例にならいこの時も信者が柱の一部を寄進した。
(写真は　本尊・釈迦立像）

　東司（重文・室町時代）と言うのは、禅堂内で修行する僧たちが使用する便所のこと。
内部は土間で、中央の通路をはさんでその両側に各一列に便壺が埋められている。禅僧は用便の時も修行であり、厳しい作法が定められていた。禅宗寺院の便所の古い様式を伝える珍しい建物で、この東司も京都市で現存する中では最古、最大のものである。
　浴室（重文・室町時代）は、三門の東にある建物で、京都市では最古の浴室建築。内部は中央が板敷きの蒸風呂式の洗い場で、左右に腰掛けが設けてある。入浴も用便と同じように修行のひとつで、いろいろな心得が必要で、浴室内の木額にその心得が刻まれている。
(写真は　浴室（重文・室町時代））

　西庭（井田市松の庭）は、石を方形に組んで井田（せいでん）の意図を表し、サツキの刈り込みと白砂で市松模様を描き、色彩の変化をねらっており、南庭とは対照的に色彩感あふれる空間を作り出している。
　北庭（市松の庭）は、半円形の地を敷き石と苔地で市松模様にした庭。サツキの刈り込みを隔てた背後の通天橋のカエデが土塀代わりをしている。
　東庭（北斗の庭）は、柱石と古材を使った北斗七星の石組となっている。東福寺方丈をぐるりと回り、変化に富んだ庭を鑑賞すると、都会の雑踏にまみれた心が洗われる。
(写真は　北庭）

　開山堂（常楽庵）は通天橋を渡った山内で最も高い所にある。楼閣風の落ち着いた建物で、階下内部には開山僧・聖一国師像などが安置されている。上層は伝衣閣（でんねかく）と言い、内部には阿弥陀如来像、薬師如来像、布袋像が安置されている。聖一国師が死去したところを塔所と言い、開山堂の背後にその塔所がある。
　愛染堂（重文・室町時代）は、丹塗りの八角小円堂で、昭和１２年（１９３７）に塔頭の万寿寺から移したものである。堂内の須弥壇には愛染明王像をまつっている。愛染堂のような八角円堂は奈良時代からあり、奈良の法隆寺夢殿、興福寺北円堂や京都の広隆寺桂宮院本堂と東福寺の愛染堂などが貴重な八角円堂の建物とされている。
(写真は　愛染堂（重文・室町時代））

(1)･･･ひょうごシンボルルート   
(2)･･･丹後・丹波伝説の旅ルート
(3)･･･越前戦国ルート              
(4)･･･近江戦国ルート              
(5)･･･お伊勢まいりルート         
(6)･･･修験者秘境ルート           
(7)･･･高野・熊野詣ルート         
(8)･･･なにわ歴史ルート