境内西奥の、回廊を回らした一郭の中央に、棟木に猿の彫刻を施した楼門（重文）がある。ここから入ると、西本宮の拝殿（重文）と本殿（桃山時代１５８６年、国宝）があり、本殿の造りは前から見ると入母屋造りになっているが後ろから見ると左右の屋根を別につけた「すがる破風」形の屋根で、聖帝造り（しようたいづくり・日吉造り）といわれている。祭神は近江朝の時に大和の三輪より招かれたといわれる勧請神で、大巳貴（おおなむち）神である。
　西本宮を出ると宇佐宮本殿（重文）と拝殿がある。さらに東側に白山比咋（しらやまひめ）神社本殿（桃山時代1598年、重文）が並び、つづいて比叡山僧徒の強訴に使われたことで有名な、山王神輿（江戸時代、重文）が保管されている、神輿庫がある。これらの神輿は、信長の兵火に焼けた後のもので、金銅装できらびやかな装いをこらした江戸時代のものである。山王七社といわれる日吉の各神社の神輿が豪華な様相を呈して７基揃ったところは見ものである。
　ここから東寄りの道を北に入ると日吉神社信仰の起こりである牛尾山に至る。牛尾山(八王子山、小比叡）は三角錐型の甘南備山で、農耕の始まった時代の地主神を祀る、降雨祈願の山である。山頂近くまで登ると、磐境（いわさか）があって、其の前に牛尾神社の本・拝殿と三宮神社の本・拝殿がある。共に重文である。これらの神は後世に麓に移され、牛尾社は東本宮に、三宮社は樹下神社になったといわれている。
　山を下りて東方向に行くと回廊に囲まれ、楼門を備えた東本宮の一郭がある。中に入ると左手に樹下神社（牛尾山の三宮社を里に移したもの。桃山時代1595年、重文）があり、右手に本殿（桃山時代１５9５年、国宝）、が鎮座する。西本殿と同じ聖帝造りで,元からの地主神で、背後の牛尾山に祀っているのを麓に迎えたものものである。拝殿は重文となっている。

　現在は日吉神社の末社となっている日吉東照宮(江戸時代初期、１６３４年、重文）は、信長に焼かれた日吉大社の復興に功績のあった、家康のブレーン天海僧正によって建てられ、徳川家康と日吉大神、豊臣秀吉を祀っている。
　日光の東照宮よりも１年早く建てられたが、軒下の斗拱や柱などを黒漆や極彩色や彫刻で飾った点は似ているので、日光の雛型をここで造ったのだと云われている。銅板葺きで拝殿と本殿をつないだ権現造りになっている。

　この前に三基の法灯が創建以来１２００年間、絶えることなく灯し続けられている。この不滅の法灯は仏法の光が後々の世にまで届くようにとの最澄の願いを表し、光を送り続けている。

　鬼は中堂から中庭へ逃げ、打棒師と呼ばれる役僧が追う。こうして災いを追い払い、福を招く仕草が見物人の前で演じられる。鬼は人間の煩悩を表していると云われ、僧の読経によってこれが追い払われることを象徴する行事である。
　僧によって額に押してもらう牛王宝印は厄除けのお守りと云われている。
　麓の町坂本には、創業２５０年のそばの老舗、「鶴喜そば」があり、この「そば」で年越しを祝う人々が多い。この店の味は日本一という説もあるくらいで、歴代延暦寺の僧に愛され、明治帝にも喜ばれたという。店の建物は唐破風を２階正面に乗せたもので、文化庁の登録文化財になっている。