ある日、毎回、プリキュアにジャマされているセイレーンは、
プリキュアの弱点をとうとう見つけたと大さわぎ。

そんなこととも知らず、響と奏が学校でハミィと話していたんだけど、
今日のハミィは、なんだかいつもとちがう感じ…。
どうしたんだろう･･･。

そうしたら、ハミィがきゅうに「おんぷのニオイがする」といって
理科じゅんび室に走っていったの。
「ちょっと待って！」と、そのハミィを響が追いかけて行く。
奏も続いて部屋に入ると…なぜか響がいない･･･。
響はどこにいったの？！
と思ったら、奏は何かの力で、ドアの向こうへ…！！

気がついたら、奏と響は、別々の不思議な空間にとじこめられていたの！
2人ははなればなれ…。
ここはいったいどこなの！？

その頃、セイレーンは学校でネガトーンをあばれさせていたわ。
学校のみんなの泣く声が、響たちのところにも聞こえてくる。
はやくプリキュアに変身して助けにいかなきゃ！
だけど、キュアモジューレが反応しない！！

響と奏、大ピンチ…！