夏休みが終わって、もうすぐ新学期。
響や奏は、もうすぐ学校のみんなと会える！とソワソワ。
そんな2人を見たエレンは・・・
「私も、学校へ行きたい！！」

音吉さんのおかげで、エレンも新学期から響と奏の学校へ行くことが決定！
さっそく響たちは学校の楽しさやルールをエレンに教えてあげるの！

いよいよ、エレンはじめての学校の日。
でも…緊張してねむれなかったみたいでなんだかグッタリ。
響と奏は、そんなエレンをヒヤヒヤしながら見守るわ。
さっそく、教室のみんなの前で「じこしょうかい」をすることになったけど…。

休みじかん、クラスのみんながエレンに質問こうげき！！
１つずつ、ていねいに答えていくエレンだけど、急にフラフラ〜･･･とダウン…。
ほけん室に運ばれちゃったわ。

窓の外からしんぱいそうにエレンを見ていたハミィは、ほけん室のくすり箱に音符を発見！
それなのに、近くにいたバスドラがくすり箱をネガトーンに変えてしまった！

響、奏、エレンは急いでプリキュアに変身！
ところが、こんどは、
次々に、フェアリートーンたちがたおれていく。
フェアリートーンに一体なにが…！？