グレッチェンは表情筋を司る神経に麻痺があり、笑顔を作ることができない。アンドリュースはリスクのない手術が可能だと請け合うが、ショーンは医学的に必要ない手術だとして、起こり得るリスクを羅列する。グレッチェンは、保険でカバーされない費用を心配して手術を受けないと言うが、アンドリュースは保険会社に手術費の大半をカバーするよう圧力をかける。手術は成功するが、麻酔が切れる時間になってもグレッチェンは目覚めず・・・。

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10年前のバイク事故で胸部から下が麻痺したハンターが、首の激痛を訴えて病院を訪れる。両足にも痛みがあり幻肢痛のようなものかと思われたが、MRIで確認すると損傷したと思われた神経は正常で、腫瘍が神経を圧迫していたことが分かる。腫瘍を切除すれば再び歩ける可能性があると知ったハンターは喜ぶが、腫瘍が脳幹に浸潤していて・・・。一方、アンドリュースは、別の病院で受けた美容整形で感染症を起こしたエマを診る。

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ショーンとモーガンは、生まれつき心臓が胸郭の外にある10代の少女スピリットを担当する。彼女は成長して胸郭が大きくなり手術が可能になるまで14年待ち、ようやくオペの日を迎えるが、直前になって心臓が大きくなりすぎて収まらないことが分かる。一方、警官を15年やってから医者になった45歳のアレックス・パクが、メレンデスのチームに加わることに。アレックスはクレアたちと肝移植を受ける少年を担当する。

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ショーンとジャレッドはリムの下で、腹痛を訴えるクインを診る。クインは一見、少女に見えたがトランスジェンダーだった。検査でクインは精巣がんと判明。また、第二次性徴遮断薬の服用で骨減少にもなっていた。18歳になったら性別適合手術を受けるつもりだったと言うクインに両親も賛成するが、クインの祖母ルースは反対する。しかし、結論が出る前にクインが睾丸捻転を起こして、両親は急きょ決断を迫られる。

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くも膜下出血のため、男性が聖ボナベントゥラ病院に運び込まれた。男性の妻テッサによれば6年前に倒れて以来薬を飲んでいたという。リムが執刀して手術は無事に終わるが、術後の画像検査で脳に動脈瘤が見つかる。意識のない夫に代わり、動脈瘤を切除しなければ死ぬが、手術で脳に損傷が生じて重度の麻痺になる可能性もあると説明を受けたテッサ。彼女は、夫が「不自由な体で生きたくない」と明言していたと手術を拒否する。

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分離手術後、目を覚ましたジェニーはバイタルが安定し会話もできる。だがケイティは覚醒せず昏睡状態になり、脳にほとんど血流がないことが判明。メレンデスたちは昏睡状態のケイティの心臓をジェニーに移植するのが最善だと考え、姉妹の母親グレンダはジェニーを救うためにケイティの人工呼吸器を外すことに同意するが・・・。一方、ショーンは、リアを追ってペンシルベニア州に移るためにメレンデスに推薦状を依頼する。

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グラスマンはショーンを捜しに来るが、ショーンはリアの部屋に隠れてやり過ごす。リアは、動揺しているときは大事な決断をせずにひと休みすべきだと言って病欠の連絡をするよう促すが、ショーンは無断欠勤してしまう。そんな彼をリアはドライブ旅行に連れ出し、ハッピーに生きることを教えていく。一方、メレンデスは頭部結合双生児のジェニーとケイティの腎移植手術をする。手術は成功したものの、ジェニーが心不全になり・・・。

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プロゲーマーのVIP、ボビーの肘の靭帯再建をジャレッドとショーンが手伝う。手術は無事終了するが、MRI検査で腫瘍が見つかった。3年前にがんを患っていたボビーだが、肘の手術とは無関係と黙っていたのだった。さらに詳しく調べると脳幹に転移が見られ、腫瘍を摘出するには脳幹の一部を切除しなければならない状態と判明。術後に左半身不随などの障害が生じる危険性を伴うが、ボビーはこの手術を承諾する。

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聖ボナベントゥラ病院の人道的な国際支援プログラムの対象に、重度の先天性心疾患があるガブリエルが選ばれる。オペは不可能だとメレンデスは判断していたが、アオキが彼を選んだのだ。循環器内科のメータはガブリエルを救えるのではと期待したが、心エコー検査で想像より容体が悪いことが分かる。一方アンドリュースは、がんの疑いのあるエリザベスの喉の結節を切除して生検に出すが、その検体が行方不明になってしまう。

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ショーンの部屋を訪れたリアが、ショーンのリンゴを食べてしまったため、ショーンはスーパーへリンゴを買いに行く。すると、そこで強盗に遭遇してしまった上、強盗の指示通り財布を出さなかったために逆上した強盗が発砲。居合わせたカップルの女性エイヴリーが腹部に被弾してしまう。聖ボナベントゥラ病院に搬送されたエイヴリーだが、カップルの男性ブランドンは、エイヴリーが撃たれたのはショーンのせいだと言い放つ。

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自閉症の若者リアムが、降りるバス停を間違えてパニックになり、転んで額にけがをして運び込まれる。ショーンの対応でリアムは落ち着くが、黄疸と発熱があったため、検査したところ胆道に瘢痕が見つかる。リアムはじっとしていられないためMRI検査が行えず、診断のためにはリスクを伴う腹腔鏡検査を行わざるを得なくなるが、リアムはやはりパニックを起こしてしまう。

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ショーン、クレア、ジャレッドがERで深夜勤務中、結婚式の送迎バスの横転事故で、20人以上の負傷者が運び込まれる。激しく大腿骨を損傷していたマルコを担当したショーンは、足を切断するしかないと判断するが、クレアの発案で3Dプリンターを使いチタンの大腿骨を作ることに。しかし、前例がないため、マルコの両親はリスクを案じて切断を選ぶ。今回の式でマルコの妻になるはずだったソニアは、大腿骨の交換を主張する。

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アナフィラキシーショックで救急搬送された患者ウィルクスは、腹部に激痛があり、ＣＴスキャンで膵臓に病変が見つかる。ジャレッドが生検のため検体を採取していたとき、ウィルクスは再びアナフィラキシーショックを起こしてしまう。一方ショーンは、亡くなった弟スティーヴにそっくりの少年エヴァンは転んで腕を骨折して入院していたが、ショーンはエヴァンの眼振に気づき、ＣＴスキャンで検査をする。

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胎児の腫瘍摘出が必要と診断された妊娠２２週のバーバラは、抗リン脂質症候群で血栓ができやすく長時間の手術に耐えられないため、メレンデスは中絶を勧める。だが、ショーンとクレアがリスクの少ない方法を提案しメレンデスは手術を行う。しかし、術中にバーバラが肝不全を起こし、子宮を開く前に手術は中止となってしまう。再手術は不可能で、中絶をしない限り母子ともに死に至ると判断したメレンデスは・・・。

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肝不全のチャックのために、サンフランシスコの病院へ移植用の肝臓を取りに行ったショーンとクレア。摘出から移植までの許容時間は８時間だが、肝臓は２人が到着した時、すでに摘出から３時間が経過していた。濃霧のためヘリコプターが飛べず、救急車も出払っており、ショーンとクレアはパトカーに乗って聖ボナベントゥラ病院を目指す。しかし、肝臓に血栓があると分かって、急きょ路上で手術することにする。

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聖ボナベントゥラ病院での勤務初日に５分遅刻したショーンは、「遅れたのはバスであって自分ではない」と言う。メレンデスは、良し悪しの区別がつかないショーンに単調な仕事を担当させる。その後、ショーンは外来患者を診るが、耳の感染症の患者に頭部ＭＲＩ検査を行うなど診断方法が度を越していた。そして、腹痛を訴える少女に詳しい検査を行おうとするショーンを止めたメレンデスは、ストレス性の腹痛だと診断する。

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医師の資格を持つショーン・マーフィーは、自閉症でサヴァン症候群でもある。サンノゼにある聖ボナベントゥラ病院の院長グラスマンは、完璧な記憶力を持ち空間認知能力に長けたショーンをレジデントとして採用しようとするが、院長の座を狙うマーカスは、採用を認めようとしない。そのころショーンは、サンノゼの空港にいた。作業員が掛け替えようとしていた看板が落ち、ガラスの破片を全身に浴びた少年と遭遇して・・・

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