1998年9月。夏の終わりに少女たちの飛び降り自殺が立て続けに起こる。 現場はいずれも廃墟と化した、しかし、かつては街のシンボルタワーだった 巫条ビル。屋上には浮遊する「彼女」がいた。

「彼女」の名は巫条霧絵。自在に浮遊する自身と窓の外を眺めるだけの自身を持つ、哀しい「二重存在」だった。

自殺した少女たちは学校も家庭環境もちがい、交友関係も皆無、自ら命を 絶つ理由も見あたらず、関連性は謎のまま。 事故か事件か、センセーショナルにマスコミが伝えるさなか、 唯一かつ絶対の共通点に気付く者がいた――蒼崎橙子。 「伽藍の堂」と呼ばれる場所に暮らす人形師である。

やがて5件の自殺を数えたころ。
橙子の人形に惹かれ助手として働いていた黒桐は、孤独な「彼女」に魅入られ 深く昏い眠りの中にいた。
一方、異能の能力「直死の魔眼」を持つ式は、黒桐がいない苛立ちを抱えながら 巫条ビルへと向かう。 その表情はどこまでも静かで不敵、けれど内には深い怒りを秘めていた。かくして式は、黒桐のため、そして黒桐を想う自分のため、 煌めくナイフを手に走り出す―――。