一陣の風が雨を予感させるある日、渡辺小五郎（東山紀之）の前に、安倍川の仙吉（高橋英樹）が現れる。かつて、小五郎が仙吉の弟・弥勒坊燕斎を斬って以来の因縁だった（『必殺仕事人2012』）。仙吉は不敵な表情で言い放つ。

「もうすぐこの江戸の町はえれぇ騒ぎになる。そんときゃあ、渡辺さん、あんたもいよいよ打ち首獄門、晒し首だ」

その不気味な忠告が暗示するのは、江戸幕府で企てられる陰謀だった。開国を熱望する若き老中・加門橋ノ介（岡田義徳）は、側用人の中之島頼政（中村梅雀）の後押しを受けて、海外諸国から視察団を招こうと画策していたが、その裏にはこれを機に、賭場や夜鷹など江戸の町の暗部を徹底的に「大掃除」しようという狙いが隠されていたのだった。

その頃、経師屋の涼次（松岡昌宏）は、とある田舎の村にいた。知り合った坊主の隆斎（永島敏行）から、井戸をめぐって対立する村人たちの仲裁を頼まれ、寺に居候していたのだ。隆斎や、寺の後継ぎの隆生（知念侑李）、恋人のおつう（佐々木希）らに囲まれ、穏やかな時間を過ごす涼次。しかし、思わぬ事件が起き、追われるように江戸の町へ戻ることになってしまう。

一方、小五郎ら同心たちが勤める本町奉行所では、幕府からの通達を受けた与力の増村倫太郎（生瀬勝久）が慌てていた。頼み料と引き換えにかたき討ちや復讐を代行する「仇討ち屋」を、幕府が認可したのだ。しかも、いち早く開業したのが、あの仙吉だった。幕府公認の仕事人とも言うべき存在の出現に、仙吉と親しかったお菊（和久井映見）も動揺する。

そんななか、隆生がおつうとともに、江戸にやってきた。新しい暮らしを始める決意にあふれるおつうだが、隆生の胸中には、秘めた思いがあった・・・・・・。

騒乱に揺れる江戸の町に、新たな仕事人が誕生する！